Une petite église du IVe siècle, située dans le village Haghpat, considérée aussi comme l’un des bâtiments du monastère.
Des objets substantiels de l’Age du Bronze et des traces de l’activité humaine de l’époque paléolithique ont été découverts dans les parois des gorges de la rivière Débéd. La fondation du monastère a été projetée sous le règne du roi Abbas Bagratouni (929-953), mais le plus ancien bâtiment du monastère fut construit en 976, sous le règne du roi Achote III Voghormats Bagratounie (953-977). La reine Khosrovanouïch éleva l’un des plus anciennes église du monastère St.Nechan (achevée en 991) à l’honneur de ses fils Smbat et Gourguèn.
Après la chute de la capitale des Bagratides à Ani en 1064, le monastère connut un déclin jusqu’à ce que les princes Kourikian, particulièrement, les Zakarian lui donnèrent un nouvel essor, quand le monastère fut remis sous la domination du roi Orbélian comme un payement contre ses services militaires en Géorgie qui brisa le joug séljoukide de la région à la fin du XIIe siècle. Le complexe fut largement agrandi au milieu du XIIIe siècle, en devenant l’un des monastères éminents et centres intellectuels de l’Arménie.
Haghpat qui était le siège d’évêché de Lori au XIe siècle, devient un rival sérieux pour le monastère Sanahine et cette rivalité permit des Mongols d’avancer leur projet de l’invasion du royaume arménien. En 1233, quand l’évêque de Haghpat Hovhannes élevait la forteresse Kaïan (Anker), son cousin, le prince Chahnechah dont le père était enterré à Sanahine, alla à l’assaut et démolit la forteresse sur l’ordre des troupes mongoles. Les Mongols prirent et pillèrent tous les deux monastères.
Le monastère fut pillé aussi par les légions de Tamerlan (XIVe siècle), ensuite par les Ottomanes (XV-XVIIe siècles). Quand la Perse eut en son pouvoir le royaume arménien en 1639, le monastère fut ranimé et repris sa prospérité comme un centre intellectuel et de manuscrits. Son résident le plus célèbre du XVIIIe siècle était le troubadour Sayat Nova (1722-1795). Sayat Nova mourut à Haghpat.
Depuis 1996 le site figure sur la liste du patrimoine mondiale de l’UNESCO.